태그>admd(총 18개의 글)

'admd' 관련 최근글

• 

  Action-CSA [algorithm, 컴퓨터 프로그램]

  Imagination is more important than knowledge (지식보다 상상)  by 바죠|2017/02/17 17:35

  Action-CSA 미시세계에서 원자들이 만드는 이동경로를 전산모사 하는 것은 아주 어려운 문제 중 하나이다. 특히, 화학반응같이 원자들이 집단적으로 움직이는 상황에 해당하는 전산모사는 더욱더 어려운 것..

  algorithm, software, FORTRAN90, 슈퍼컴퓨팅, ConformationalSpaceAnnealing

• 

  string method (LJ potential) [algorithm]

  Imagination is more important than knowledge (지식보다 상상)  by 바죠|2011/12/31 16:55

  string method (LJ potential) [algorithm] cf. Nudged Elastic Band (NEB) method transition pathway/ minimum energy path/ transition state를 찾는 방법 중 하나로 알려진 string me..

  algorithm, FORTRAN90, ADMD

• 

  Local minimization, Lennard-Jones potent..

  Imagination is more important than knowledge (지식보다 상상)  by 바죠|2011/12/28 19:07

  1차 미분과 함수 값을 이용한 구조 최적화 문제의 실제 예를 보여준다. LJ potential: LJ cluster 구조 변형 기작 시뮬레이션: implicit none integer natoms,nn real*8 elj real*8, allocatable :: x(:),v..

  algorithm, FORTRAN90, software, ADMD

• 

  AD-ENM Web Server

  Imagination is more important than knowledge  by 바죠|2010/03/24 09:50

  규모가 큰 단백질 구조 변형 양식 분석, 기능 수행 양식 연구 서버 AD-ENM Web Server DC-ENM Web Server PATH-ENM Web Server The AD-ENM (Analysis of Dynamics of Elastic Network M..

  algorithm, software, ADMD

• 전이경로를 찾아서

  Imagination is more important than knowledge  by 바죠|2008/10/19 17:43

  전이경로를 찾아서 동일한 내용(블로그 형식): 참고 사항: 제 11 회 단백질 접힘 겨울 학교, 2012년 2월 하이원 리조트 개최 발표 내용 총 132 페이지 분량 자료: RareEvent_simulations1-49.pdf RareEvent_simulations50-132.pdf 참고 아티클: 1566_article_physics_and_h..

  algorithm, ADMD, 슈퍼컴퓨팅, MPI

• FFT [Python]

  Imagination is more important than knowledge (지식보다 상상)  by 바죠|2008/05/28 06:51

  #!/usr/bin/env python from numpy.fft import fft from numpy import zeros aa=((1., 2., 3., 2., 1. )) aa_fft=fft(aa)/len(aa) for i in range(len(aa)): print aa_fft[i] bb=zeros(len(aa)*2,complex) for i in range(len(aa)): ..

  ADMD, PYTHON, algorithm

• CVODE, A STIFF/NONSTIFF ODE SOLVER IN C

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2008/05/01 08:35

  S. D. Cohen and A. C. Hindmarsh, Comput. Phys. 10, 138 (1996). NEB 방법에서 relaxation 용도로 사용할 수 있다. FIRE방법도 사용가능하다. - - - 최근 이 항목이 업데이트 되어군요. NEB, String, DIMER 방법이 그냥 제시되는 수준으로 바뀌었습니다. -

  software, algorithm, ADMD

• activated processes

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2008/03/20 10:35

  ADMD, algorithm

• 

  GPGPU를 활용한 분자동역학 계산

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2007/10/07 11:30

  트랙백:GPGPU(범용 그래픽카드)를 이용한 분자동역학 놀라운 그래픽 카드의 계산 능력을 활용한 과학기술 계산의 시대가 열릴 수 있을것인가? 관련 매뉴스크립트: 네덜란드 그룹의 논문이군요. 특히, Frenke..

  FORTRAN90, algorithm, ADMD, 슈퍼컴퓨팅

• 

  linear, inverse, logarithmic

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2007/08/18 15:07

  inv, lin, log Inv, Lin, Log INV, LIN, LOG # lin 1.000000000000000 12.00000000000000 23.00000000000000 34.00000000000000 45.00000000000000 56.00000000000000 67.00000000000000 78.00000000000000 89.00000000000000 100.0000000000000 & # inv 1.000000000000..

  algorithm, ADMD, FORTRAN90

• 

  Action-Derived Molecular Dynamics: from Algo..

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2007/05/01 09:28

  Action-Derived Molecular Dynamics: from Algorithms to Applications Where transition-pathway search is part of the pleasure. action-derived_molecular_dynamics_from_algorithms_to_..

  ADMD, algorithm, MPI, FORTRAN90, 슈퍼컴퓨팅

• 

  Runge-Kutta 알고리듬, 예제

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2007/04/29 15:00

  출처: 위키피디아 Runge-Kutta 방법은, 미분방정식들을 동시에 적분하는 수치 알고리듬이다. 아주 널리 알려진 유용한 계산 방법이다. " first-order differential equation set, self-starting,..

  FORTRAN90, algorithm, ADMD

• 

  전이경로를 찾아서

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2007/04/21 10:12

  전이경로를 찾아서 서론 물질들의 근본 특성들을 이해하기 위해서는 미세구조 분자세계에서 표현되는 원자들의 배열, 전자와 핵 간의 상호작용, 전자들 간의 상호작용을 이해해야 한다. 원자들의 움직임과 전자들의 간의..

  FORTRAN90, MPI, ADMD, algorithm, 슈퍼컴퓨팅

• 

  Harmonic Fourier Beads (HFB) 방법 (free e..

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2007/03/23 10:04

  HFB (Harmonic Fourier Beads) 방법 [J. Chem. Phys. 125, 174108 (2006) ] [Ilja V. Khavrutskii, C. L. Brooks III, 저자 웹페이지에 manuscript가 올라와 있음. 2007년 5월2일 확인함.]은 유한 온도(T..

  MPI, FORTRAN90, ADMD, algorithm, 슈퍼컴퓨팅

• 

  Principal Components Analysis (PCA)

  Imagination is more important than knowledge.  by 바죠|2007/02/16 09:16

  In statistics, principal components analysis (PCA) is a technique for simplifying a dataset, by reducing multidimensional datasets to lower dimensions for analysis. Technically s..

  FORTRAN90, algorithm, ADMD