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		<title>이글루스 '454' 태그 최근글</title>
		<link>http://valley.egloos.com/tag/454</link>
		<description>454</description>
		<language>ko</language>
		<pubDate>Sat, 08 Aug 2009 09:16:44 +0900</pubDate>
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	<title><![CDATA[그림으로 보는 DNA Sequencing 원리 : Sanger에서 Solexa까지]]></title>
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	<![CDATA[ 
영국의 Welcome Trust 페이지에서 찾은 플래시 애니메이션.      고전적인 Sanger Sequencing : '고전적' 이라고는 하나 근래에 이 바닥 일을 시작한 사람들이라면 시퀀싱이란 그저 '회사에 DNA 던져주면 되는 일' 이라고 생각하기 때문에 실제 원리를 잘 모르는 경우가 의외로 많다능~   (가끔은 '맹물' 던져주고 시퀀싱 안나온다고 찌질대는 중생들도 있고..ㅎㅎㅎ)    '고전' 이라고는 하나 여전히 정확도나 Read Length 면에서 Sequencing의 Gold Standard 로 통하며, Genomics 쪽에서의 활용도는 아무래도 줄어들겠지만 일반적인 연구용의 Sequencing으로써는 여전히 건재하다.                454 Sequencing : Roche 의 G	]]>
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	<pubDate>Sat, 08 Aug 2009 09:16:44 +0900</pubDate>
	<dc:creator><![CDATA[Media Lab]]></dc:creator>
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	<title><![CDATA[Next Generation Sequencing Information Community ]]></title>
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	<![CDATA[ 
Solexa, 454, SOLiD 등의 이름이 친숙하신가? 그렇다면 아래 포럼에 접속해 보심이..    SEQANSWERS    특히 이들 기게에서 쏟아지는 데이터를 어떻게 1차 (Basecalling), 2차 (Assembly-Align) 가공하여 3차 가공하여 유용한 생물학적 정보를 끌어낼 수 있느냐에 대한 실용적인 내용들이 포럼에 많이 있다.     그리고 여기 링크 를 보니 Roche의 454 플랫폼이 곧 업데이트된다고 한다. 물론 GS20에서 GS FLX로의 1차 업데이트는 있었지만 이는 소프트웨어 업그레이드를 통하여 가능한 마이너 업데이트였던 반면 이번의 업데이트는 꽤 메이저한 업데이트 (기계가 바뀌는?) 것으로 생각된다.     그래서 1 Run의 Throughput이 100MB에서 500MB로	]]>
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	<pubDate>Fri, 25 Jul 2008 15:20:01 +0900</pubDate>
	<dc:creator><![CDATA[Media Lab]]></dc:creator>
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	<title><![CDATA[Consed 17.0 설치]]></title>
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	<![CDATA[ 
<img 
				src="http://thumb.egloos.net/100x76/http://pds8.egloos.com/pds/200807/24/39/a0012939_4888033710d77_t.png"  
				alt="Consed 17.0 설치" 
				width="100px"  
				height="76pxpx"
				align="left"
				style="border:1px solid #DDDDDD;margin:0 10px 10px 0px;"
				/> Consed 17.0    일단은 지금 당장 필요없는 프로그램이지만 몇년전의 추억(?)을 떠올리기도 좋고 그래서 기냥 설치.    일단은 인증샷. 보면 알겠지만 설치한 것은 OS X 버전. 어쨌거나 OS X 는 현재까지로는 Consed와 MS Office가 native하게 돌아가는 유일한 플랫폼.     이전 글에서 이야기했듯이 Consed 뿐만 아니라 무려 9년만에 phrap 이 업데이트되었음 (정확하게 말한다면 업데이트된 것은 cross_match) 따라서 신버전 Consed를 위해서는 Phrap version 1.080721이 있어야 함.     아는 분은 다 아시겠지만 Phrap, Consed 등을 구하기 위해서는 몇가지 조건이 있는데,    1. 교육기관 혹은 비영리 연구소 등에 근무하고 있는 분이	]]>
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	<pubDate>Thu, 24 Jul 2008 13:42:46 +0900</pubDate>
	<dc:creator><![CDATA[Media Lab]]></dc:creator>
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	<title><![CDATA[Consed 17.0]]></title>
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	<![CDATA[ 
David Gordon 으로부터 이메일이 와서 확인해 보니 다름아닌 Consed 17.0이 발표되었다는 이야기.     자세한 것은 위 링크에서 읽어보시기 바라며, 간단하게 이번 업데이트는 454 및 Solexa 산출물에 대한 지원이 강화되었다는 것인데, 실제로 Sanger Read 와 454, Solexa Data를 합쳐서 어셈블리 및 피니싱을 할때 필요한 기능들이 들어간 듯 하다.     예를 들어서 이제 Solexa의 Read를 불러서 Reference Sequence에 align하는 작업이 Consed 내에서 가능해졌다고 하는데..이를 위해서 몇년 동안 전혀 업데이트가 되지 않았던 cross_match 마저 업데이트가 되었고 퍼포먼스가 개선되었다고 한다. 말에 의하면,     Cross_match (	]]>
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	<pubDate>Wed, 23 Jul 2008 17:46:05 +0900</pubDate>
	<dc:creator><![CDATA[Media Lab]]></dc:creator>
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