http://valley.egloos.com/tag/mpi mpi ko Tue, 24 May 2011 20:34:30 +0900 Egloos http://incredible.egloos.com/4578819 http://incredible.egloos.com/4578819 2nd KIAS CAC Summer School on Parallel Computing June 30 - July 2, 2011 Important noticesDeadline for Application is June. 20, 2011. The list of participants will appear on 21th on the web. Please check your name on the homepage after 21th.Participants Graduate Student, Researcher, and ProfessorPreparation Please bring your laptop with a ssh program(Xmanager, VNC etc.) installed. Program6.30 (Thu ]]> Tue, 24 May 2011 20:34:30 +0900 http://incredible.egloos.com/4552548 http://incredible.egloos.com/4552548 Wed, 23 Mar 2011 15:46:34 +0900 http://incredible.egloos.com/4540759 http://incredible.egloos.com/4540759 병렬 계산에서는 CPU 사용 갯수에 의존하지 않고 항상 같은 결과를 만들어야한다. 특히, random number를 사용하는 경우, 많은 사람들이 이를 무시하는 결과를 내어 놓는다. 하지만, 그것은 제대로 된 병렬 구현이 아니다. 랜덤 넘버 제너레이션 씨드가 주어지면 노드 수에 상관없이 단 하나의 결과를 주어야 한다. 다시말해서 원할 경우, 계산 결과를 정확하게 재생산 할 수 있어야 한다. 다른관점에서 보았을 때, 이것은 또한 랜덤 넘버가 노드별로 상관관계를 가질 수 있기도 하여 매우 주의해야 하는 항목이 된다. 정사각형에 랜덤 넘버들을 뿌려놓는다. 그 다음 원 안에 있는 것들의 비율을 계산함으로써 pi를 계산할 수 있다. 실제는 랜덤 넘버 두 개를 이용해서 원 안에 들어가는지 아닌지를 확인한다. ]]> Wed, 23 Feb 2011 22:14:47 +0900 http://marieis.egloos.com/4393567 http://marieis.egloos.com/4393567 Mon, 08 Jun 2009 22:13:58 +0900 http://incredible.egloos.com/4093659 http://incredible.egloos.com/4093659 Fri, 20 Mar 2009 09:22:07 +0900 http://incredible.egloos.com/4086075 http://incredible.egloos.com/4086075 병렬계산에서 자주 마주치게 되는 상황 중 하나에 대해서 언급하고자 합니다. 각 노드에 할당된 특정 크기(M)의 자료들을 특정 노드(0 노드)에 모두 모으고자 할 때가 있을 수 있다. 이 때, 특정 노드(0 노드)에서는 노드수(nproc)에 비례하는 배열 할당(M * nproc)이 필요하게 된다. 이러한 기본적인 데이터의 전송 패턴에 관해서는 정리가 잘 되어 있다. MPI(Message Passing Interface) 라이버러리 속에는 이러한 일들을 하는 미리 준비된 루틴들이 있다. MPI_gatherv가 모으는 것에 해당한다면 MPI_scatterv는 모든 노드로 뿌리는 것에 해당한다고 볼 수 있다. 사실은 노드마다 데이터 크기가 다른것들을 특정한 한 노드 배열에 담을 수 있는 기능을 루틴들은 지원 ]]> Tue, 10 Mar 2009 22:20:21 +0900 http://marieis.egloos.com/4205167 http://marieis.egloos.com/4205167 Tue, 03 Mar 2009 05:47:37 +0900 http://marieis.egloos.com/4148576 http://marieis.egloos.com/4148576 Sun, 15 Feb 2009 06:42:03 +0900 http://incredible.egloos.com/4054179 http://incredible.egloos.com/4054179 Sun, 01 Feb 2009 11:19:59 +0900 http://incredible.egloos.com/3880690 http://incredible.egloos.com/3880690 Wed, 27 Aug 2008 15:33:48 +0900 http://incredible.egloos.com/3755171 http://incredible.egloos.com/3755171 Fri, 23 May 2008 22:24:29 +0900 http://incredible.egloos.com/3609354 http://incredible.egloos.com/3609354 Google Code Search 이곳에서 트랙백한 것입이다. 허허, 이런 써치엔진이 있었군요. 미처 몰랐습니다. Search public source code. 공개 소스 코드 검색 ------------------------------------ 포트란, 파이썬 프로그램들을 찾아 보았습니다. ------------------------------------ ]]> Thu, 07 Feb 2008 11:18:42 +0900 http://incredible.egloos.com/3328188 http://incredible.egloos.com/3328188 Thu, 09 Aug 2007 21:19:18 +0900 http://incredible.egloos.com/3302455 http://incredible.egloos.com/3302455 병렬 프로그래밍 (MPI 프로그램)에서 가장 기본적인 것 중 하나는 바로 각 노드에 가능한한 균등한 계산량을 골고루 분배하는 것이다. 이 때, 일의 크기가 클수록, CPU시간이 많이 걸릴 수록, 좋은 병렬 계산의 효율성은 높아 질 수 있다. 간단한 예제들을 통해서 일의 균등 배분 방식을 알아 본다. 하나의 예로서, 포트란90으로 만들어진 동등분배 루틴을 아래와 같이 나타낼수 있다. !234567890 PROGRAM mphase IMPLICIT NONE include 'mpif.h' character*8 string,fname8,fname9 real*8 temper character*8 fnnd ; character*10 fnnt ]]> Wed, 25 Jul 2007 17:41:03 +0900 http://incredible.egloos.com/3147052 http://incredible.egloos.com/3147052 Action-Derived Molecular Dynamics: from Algorithms to Applications Where transition-pathway search is part of the pleasure. action-derived_molecular_dynamics__from_algorithms_to_applications_1.pdf Keywords :action, transition pathway, nudged elastic band (NEB), string, dimer, activation-relaxation technique (ART), rare events, activation energy barrier, transition state, reaction ]]> Tue, 01 May 2007 09:28:13 +0900